Suspension d’un fonctionnaire pour défaut de passe vaccinal : quand l’erreur de fondement juridique entraîne l’annulation

Le jugement rendu par le tribunal administratif de Lille le 16 décembre 2025 offre un exemple remarquable de l’application du régime sanitaire mis en place pendant la crise de la covid-19. Cette affaire, qui concerne la suspension d’un professeur de musique pour défaut de passe vaccinal, illustre la complexité du maquis réglementaire de l’époque et les conséquences parfois sévères d’une erreur dans le choix du fondement juridique d’une décision administrative.

Les faits se situent en janvier 2022, au cœur de la période où s’appliquaient simultanément plusieurs dispositifs d’obligation vaccinale. Monsieur B, assistant territorial d’enseignement artistique principal, était mis à disposition par la commune de Villeneuve d’Ascq auprès de l’association École de musique de Villeneuve d’Ascq. Le 24 janvier 2022, il se voit refuser l’accès à l’établissement faute de présenter un passe vaccinal. Le maire formalise cette situation par un arrêté du 3 février 2022 le suspendant de ses fonctions à compter du 28 janvier 2022. Face au rejet de son recours gracieux, l’agent saisit le tribunal administratif.

Le premier enjeu contentieux porte sur le fondement juridique de la suspension. L’arrêté du maire se base sur les articles 12 à 14 de la loi du 5 août 2021 relative à la gestion de la crise sanitaire. Ces dispositions instauraient une obligation vaccinale pour certaines catégories de professionnels, notamment ceux exerçant dans les établissements de santé, les établissements sociaux et médico-sociaux, ou encore les pompiers et transporteurs sanitaires. Le législateur avait ainsi établi une liste précise et limitative d’activités soumises à cette obligation vaccinale stricte.

Le raisonnement du tribunal est ici d’une clarté implacable. L’article 12 de la loi du 5 août 2021 énumère de manière exhaustive les établissements et professions concernés par l’obligation vaccinale. Un professeur de musique exerçant dans une école associative d’enseignement artistique ne figure manifestement pas dans cette liste. Il n’exerce ni dans un établissement de santé, ni dans un établissement social ou médico-social relevant des catégories énumérées par le texte. L’arrêté est donc entaché d’une erreur de droit, ce qui suffirait normalement à entraîner son annulation pure et simple.

Mais le tribunal ne s’arrête pas là. La commune de Villeneuve d’Ascq invoque en défense la possibilité d’opérer une substitution de base légale. Cette technique juridique permet au juge, lorsqu’il constate qu’une décision aurait pu légalement être prise sur un autre fondement, de substituer ce fondement correct à celui erroné initialement invoqué, évitant ainsi une annulation qui serait purement formelle. Cette substitution n’est toutefois possible que sous réserve que l’intéressé ait bénéficié des mêmes garanties procédurales que celles prévues par le texte qui aurait dû être appliqué.

La commune propose ainsi de fonder la suspension sur un dispositif différent, prévu par la loi du 31 mai 2021 relative à la gestion de la sortie de crise sanitaire et son décret d’application du 1er juin 2021. Ces textes instauraient non pas une obligation vaccinale au sens strict, mais un régime de passe vaccinal pour accéder à certains lieux. Le mécanisme était distinct : il s’agissait de subordonner l’accès à certains établissements à la présentation d’un justificatif de statut vaccinal, et de suspendre les agents ne pouvant présenter ce document.

Le tribunal procède alors à une analyse minutieuse de l’articulation entre ces textes. L’article 47-1 du décret du 1er juin 2021 prévoit effectivement que les agents publics intervenant dans certains établissements recevant du public doivent présenter un passe vaccinal. L’article 35 du même décret inclut explicitement dans son champ d’application les établissements d’enseignement artistique relevant du spectacle vivant et des arts plastiques. L’école de musique associative entre incontestablement dans cette catégorie.

Le raisonnement juridique se complique lorsque Monsieur B invoque une exception prévue au c) du 1° du II de l’article 47-1. Cette disposition exclut du champ d’application du passe vaccinal les pratiquants professionnels et les personnes inscrites dans des formations délivrant un diplôme professionnalisant au sein des établissements d’enseignement artistique. L’agent soutient qu’il devrait bénéficier de cette exception. Le tribunal balaie cet argument avec une précision chirurgicale : l’exception vise les élèves des formations professionnalisantes, non les enseignants. Monsieur B, en tant que professeur et non étudiant, ne peut s’en prévaloir.

Tout semblerait donc en place pour une substitution de base légale favorable à la commune. Pourtant, le tribunal refuse d’y procéder pour un motif procédural déterminant. L’article 1er de la loi du 31 mai 2021 prévoit qu’avant toute suspension, l’employeur doit informer l’agent de la possibilité d’utiliser des jours de congés pour régulariser sa situation. Cette garantie procédurale permet à l’agent de choisir entre une suspension sans rémunération et la prise de congés payés le temps de se faire vacciner ou d’obtenir un certificat de rétablissement.

Or, il ressort du dossier que Monsieur B n’a jamais été informé de cette possibilité avant sa suspension. Il n’a donc pas pu exercer ce choix. Cette omission prive l’agent d’une garantie substantielle attachée au régime du passe vaccinal. Le tribunal en tire la conséquence logique : la substitution de base légale est impossible, car elle reviendrait à valider rétroactivement une procédure qui n’a pas respecté les droits de l’intéressé. La protection des droits de la défense et le respect des garanties procédurales l’emportent sur la volonté de régulariser formellement une décision de suspension.

L’annulation est donc prononcée, tant pour l’arrêté initial que pour la décision de rejet du recours gracieux qui en constitue la confirmation. Le tribunal ordonne la réintégration juridique de Monsieur B pour la période du 28 janvier au 13 février 2022, soit la durée effective de sa suspension. Cette réintégration juridique implique que la période de suspension sera effacée des éléments de carrière de l’agent.

En revanche, le tribunal refuse d’ordonner le versement du traitement et des primes pour cette période au motif de l’absence de service fait. Cette solution peut sembler sévère pour l’agent qui n’a pas pu travailler du fait d’une décision illégale, mais elle s’inscrit dans une jurisprudence constante selon laquelle la rémunération des fonctionnaires est la contrepartie du service effectivement accompli. L’agent qui n’a pas travaillé, même pour des motifs indépendants de sa volonté, ne peut prétendre à rémunération, sauf disposition législative expresse contraire.

Cette décision revêt une portée qui dépasse le seul cas d’espèce. Elle rappelle d’abord l’importance du choix du fondement juridique correct lors de la prise d’une décision administrative, particulièrement dans un contexte réglementaire dense et évolutif comme celui de la crise sanitaire. Elle illustre ensuite les limites du mécanisme de substitution de base légale : celui-ci ne peut jamais servir à contourner le respect des garanties procédurales dont bénéficie l’administré.

Pour les collectivités territoriales et leurs services juridiques, ce jugement constitue un avertissement salutaire. La précipitation dans la gestion des situations sanitaires ne saurait justifier l’économie des formalités procédurales, même lorsque le fond de la décision paraît justifié. Un agent non vacciné pouvait légalement être suspendu en janvier 2022, mais encore fallait-il respecter scrupuleusement la procédure applicable, notamment l’information préalable sur la possibilité de prendre des congés.

TA Lille, 1re ch., 16 dec. 2025, n° 2203741