Méthanisation agricole et qualification de cours d’eau : une victoire partielle pour les opposants

Le Tribunal administratif de Pau a rendu, le 16 décembre 2025, une décision en demi-teinte qui intéressera à la fois les praticiens du droit de l’environnement et les acteurs du secteur de la méthanisation agricole. D’un côté, l’autorisation d’exploiter une unité de méthanisation dans les Pyrénées-Atlantiques est confirmée dans sa totalité. De l’autre, le refus préfectoral de classer une portion de fossé en cours d’eau est partiellement annulé, avec des conséquences cartographiques concrètes. Cette décision illustre parfaitement la complexité du contentieux des installations classées, où des questions techniques pointues comme la nature d’un fossé, la présence d’un écoulement suffisant, peuvent se révéler décisives.

Le contexte : un projet contesté de toutes parts

La société Méthagri Pau Est avait obtenu en octobre 2020 l’autorisation préfectorale d’exploiter une unité de méthanisation agricole sur la commune d’Artigueloutan, avec valorisation du biométhane par injection dans le réseau de distribution. L’association CAMI Pau-Est, rejointe par la SEPANSO et une vingtaine de riverains, avait contesté cette autorisation devant le tribunal, en soulevant notamment l’existence d’un cours d’eau à proximité immédiate du projet qui aurait dû entraîner des contraintes supplémentaires. Le tribunal avait ordonné une expertise avant-dire droit en décembre 2023, confiée à un expert judiciaire qui a procédé à des relevés entre novembre 2024 et février 2025.

Sur la qualification du fossé : une annulation partielle 

C’est sur ce point que la décision est la plus riche d’enseignements. L’article L. 215-7-1 du code de l’environnement définit le cours d’eau par la présence d’un lit naturel à l’origine, d’un débit suffisant une majeure partie de l’année et d’une alimentation par une source. L’expertise a permis d’établir une distinction spatiale précise au sein du fossé litigieux.

Entre le point A (jonction avec le chemin de Sendets) et un point situé à 540 mètres en aval, les indices ne sont pas concluants : le fossé est à sec en été selon les relevés de l’Office français de la biodiversité de 2017, et l’artificialisation du milieu due aux curages réguliers empêche de vérifier la présence d’indices biologiques. En revanche, à partir de ce point situé à 540 mètres, le substrat sableux et graveleux se distingue nettement des terres environnantes, un écoulement quasi systématique est constaté en hiver, et la topographie révèle un talweg alimenté par des affleurements de nappe. Le tribunal en déduit que le fossé ne constitue un cours d’eau qu’à partir de ce point précis, et annule le refus préfectoral de classement pour cette portion.

La conséquence pratique est notable : le préfet des Pyrénées-Atlantiques est enjoint de corriger la cartographie départementale dans un délai d’un an. Pour autant, cette annulation partielle ne rejaillit pas sur la légalité de l’autorisation d’exploiter, car ce tronçon reconnu comme cours d’eau se situe à plus de 200 mètres de l’extrémité du terrain d’assiette — ce qui suffit à respecter la distance minimale de 35 mètres imposée par l’arrêté du 10 novembre 2009.

Sur l’autorisation d’exploiter : un rejet complet des moyens des requérants

Le tribunal balaie l’ensemble des griefs dirigés contre l’arrêté préfectoral. La complétude du dossier de demande d’autorisation environnementale est vérifiée point par point, depuis les capacités techniques et financières du pétitionnaire jusqu’à l’étude de dangers, en passant par le bilan des émissions de gaz à effet de serre. Sur chacun de ces aspects, les requérants se voient opposer soit l’absence de démonstration suffisante, soit le caractère inopérant de leurs moyens.

Deux points méritent attention. D’abord, sur la conformité au plan local d’urbanisme intercommunal, le tribunal précise que les règles d’urbanisme s’imposent aux autorisations ICPE, mais constate que la zone agricole concernée autorise expressément les installations de production d’énergie par méthanisation. L’exception d’illégalité du PLUi soulevée implicitement par les requérants échoue faute d’allégation précise sur les règles antérieures qui auraient été remises en vigueur. Ensuite, sur les risques pour l’environnement et la santé publique, le tribunal relève avec constance que les requérants produisent des études dont les auteurs ne sont pas identifiés ou dont les conclusions ne sont pas étayées de manière probante. La contre-analyse d’un ancien expert du groupe Total est ainsi écartée au motif que son nom n’est pas mentionné, ce qui ne permet pas d’apprécier la pertinence de son contenu.

Les enseignements pratiques

Cette décision rappelle plusieurs règles essentielles du contentieux environnemental. La qualification de cours d’eau suppose une analyse fine, point par point, fondée sur des relevés plurisaisonniers — un relevé unique en période estivale ou hivernale ne saurait être déterminant. L’expertise judiciaire s’impose ici comme un outil indispensable pour trancher des questions techniques que le juge ne peut résoudre seul.

Par ailleurs, les opposants à un projet industriel doivent produire des éléments probants, dûment attribuables, pour espérer faire annuler une autorisation. Les pièces non signées ou les allégations non étayées de précisions suffisantes seront systématiquement écartées. Enfin, une annulation partielle portant sur une décision accessoire (le refus de classement d’un fossé) n’emporte pas nécessairement remise en cause de l’autorisation principale, dès lors que la régularité de celle-ci s’apprécie de manière autonome.