Congé de longue maladie et erreur d’appréciation : le juge s’émancipe des avis défavorables des conseils médicaux face à des certificats concordants

Par un jugement rendu le 26 mars 2026, le tribunal administratif de Nîmes annule le refus implicite de la rectrice de l’académie de Montpellier d’accorder à une professeure agrégée le bénéfice d’un congé de longue maladie, et lui enjoint d’y procéder pour une période d’un an. La décision illustre les limites du poids des avis des conseils médicaux lorsque les éléments médicaux versés au dossier par l’agent établissent de manière concordante et non contestée le caractère invalidant et grave de son état de santé.

Le régime du congé de longue maladie : des conditions strictes, mais protectrices

L’article L. 822-6 du code général de la fonction publique ouvre droit au congé de longue maladie au fonctionnaire en activité lorsque trois conditions cumulatives sont réunies : la maladie doit mettre l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, rendre nécessaire un traitement et des soins prolongés, et présenter un caractère invalidant et de gravité confirmée. L’arrêté du 14 mars 1986 établit la liste des affections susceptibles d’y ouvrir droit, parmi lesquelles figurent expressément les maladies mentales.

La procédure d’octroi repose sur une instruction médicale : le médecin agréé mandaté par l’administration rend un rapport d’expertise, puis le dossier est soumis au conseil médical départemental, dont l’avis peut être contesté devant le conseil médical supérieur. L’administration est ensuite appelée à statuer, en tenant compte de ces avis sans en être liée, du moins en théorie. En pratique, les refus suivent très fréquemment les avis défavorables des instances médicales, et l’agent qui entend les contester se trouve face à un double obstacle : renverser l’appréciation des conseils médicaux et convaincre le juge de l’erreur commise par l’administration.

Le présent jugement montre que cet obstacle n’est pas insurmontable, et que le juge administratif procède à un contrôle effectif de l’appréciation portée sur l’état de santé de l’agent.

Le contrôle du juge sur l’appréciation médicale : la force des éléments concordants non contestés

En l’espèce, la situation médicale de la requérante était particulièrement documentée. Depuis 2007, elle souffrait d’une maladie chronique avec douleurs neuropathiques invalidantes ayant justifié l’aménagement de son poste. Depuis mars 2022, elle présentait en outre un état anxiodépressif majeur accompagné d’un ralentissement psychomoteur, d’une fatigue importante, de troubles de la concentration et de la mémoire, d’une instabilité émotionnelle et d’une perte de l’élan vital, nécessitant un suivi psychiatrique régulier et la prise de médicaments psychotropes. Elle avait par ailleurs effectué deux tentatives de suicide, dont une en mai 2023, et subi trois hospitalisations psychiatriques — dont deux en 2023, d’une durée totale de plusieurs semaines.

Ces éléments étaient établis par plusieurs certificats concordants : le rapport d’expertise du médecin agréé mandaté par le rectorat lui-même, daté du 11 avril 2023, qui rendait un avis favorable au congé de longue maladie, ainsi que les certificats de deux médecins psychiatres et d’un médecin généraliste, tous préconisant le même placement. L’ensemble de ces pièces caractérisait un état de santé incompatible avec une reprise de l’activité professionnelle.

Face à ce dossier, le conseil médical départemental et le conseil médical supérieur avaient néanmoins rendu des avis défavorables, en juin et en octobre 2023, estimant que les critères légaux du congé de longue maladie n’étaient pas remplis. La rectrice avait suivi ces avis et refusé le congé sollicité.

Le tribunal substitue son appréciation à celle de l’administration. Il retient que si les deux instances médicales ont émis des avis défavorables, l’administration n’apportait aucun élément de nature à remettre en cause la réalité des soins nécessaires à la requérante, ni le caractère invalidant et grave de son état de santé. En d’autres termes, le refus n’était pas étayé par des éléments médicaux contraires — il se bornait à s’appuyer sur les avis des conseils, sans les justifier substantiellement. Cette carence dans la justification du refus, face à des éléments médicaux concordants et non sérieusement contestés, caractérise une erreur d’appréciation.

Le juge prononce l’annulation et, allant au-delà, fait usage de son pouvoir d’injonction : il enjoint à la rectrice d’accorder le congé de longue maladie pour la période du 17 octobre 2022 au 18 octobre 2023, en tirant toutes les conséquences financières afférentes, dans un délai de deux mois. Cette injonction directe — et non un simple renvoi à l’administration pour réexamen — traduit le fait que le motif d’annulation retenu ne laissait pas de marge d’appréciation résiduelle à l’administration sur la décision à prendre.

Cette décision intéresse directement tout fonctionnaire dont la demande de congé de longue maladie a été rejetée sur la base d’un avis défavorable des instances médicales, alors que des éléments médicaux sérieux et non contestés établissent pourtant la réalité et la gravité de l’affection. Elle rappelle que l’avis du conseil médical, pour autorité qu’il représente, ne fait pas écran au contrôle du juge, et que l’administration ne saurait se dispenser de motiver substantiellement son refus lorsque le dossier médical plaide en sens contraire.