Covid-19 et maladie professionnelle dans la fonction publique hospitalière : l’AP-HP condamnée à reconnaître l’imputabilité au service de séquelles persistantes

Un aide-soignant titulaire de l’Assistance publique — hôpitaux de Paris (AP-HP), recruté en 2014 et affecté à l’hôpital Saint-Antoine, avait contracté le Covid-19 le 27 février 2021. Par un arrêté du 5 juin 2021, l’AP-HP avait reconnu cette infection comme maladie imputable au service, le Covid-19 figurant au tableau n° 100 des maladies professionnelles visé par l’article R. 461-3 du code de la sécurité sociale.

Cependant, à partir de décembre 2023, l’agent a fait l’objet de nouveaux arrêts de travail consécutifs à des symptômes persistants. Par trois arrêtés successifs (26 janvier, 23 février et 1er mars 2024), l’AP-HP a refusé de reconnaître ces nouveaux arrêts comme imputables au service, estimant que l’agent était revenu à son état de santé antérieur. Ce refus a été confirmé par une décision du 29 avril 2024 rejetant le recours gracieux.

Le raisonnement du tribunal : la continuité des symptômes

Le tribunal annule l’ensemble de ces décisions. Il constate, en premier lieu, que l’AP-HP s’est appuyée sur des avis de la médecine statutaire — émis en janvier et février 2024 — retenant l’absence d’essoufflement et un état clinique normal, sans verser au débat les éléments justifiant ces conclusions.

L’agent, quant à lui, produisait un ensemble de comptes rendus médicaux établis par plusieurs spécialistes entre 2022 et 2024, documentant des douleurs musculaires intenses, des douleurs persistantes aux membres inférieurs et supérieurs, s’inscrivant dans la continuité directe de ses symptômes liés au Covid-19. Ces documents, émanant de médecins distincts et couvrant la période antérieure, concomitante et postérieure aux arrêtés contestés, attestaient sans ambiguïté de la persistance de la pathologie en lien avec la maladie professionnelle initiale.

Le tribunal juge qu’en se bornant à constater l’absence de troubles respiratoires et un examen clinique normal, sans prendre en compte l’ensemble des manifestations symptomatiques documentées, l’AP-HP a méconnu les dispositions du code général de la fonction publique relatives à l’imputabilité au service. Les arrêtés sont donc annulés, et l’AP-HP est enjointe de reconnaître l’imputabilité des arrêts de travail du 14 décembre 2023 au 15 mars 2024 dans un délai de deux mois.

L’agent demandait également une indemnisation à hauteur de 15 000 euros et un reclassement sur un poste adapté. Le tribunal rejette ces prétentions. Sur l’indemnisation, les éléments versés ne permettaient pas d’établir un manquement de l’AP-HP à son obligation de sécurité, l’agent ayant d’ailleurs été affecté sur un poste administratif de secrétariat depuis octobre 2025. Sur l’expertise et la provision, leur rejet découle du rejet des conclusions indemnitaires au fond.

Cette décision est précieuse pour les agents de la fonction publique hospitalière souffrant de séquelles du Covid-19 (ou long Covid). Elle rappelle que la reconnaissance initiale du Covid-19 comme maladie professionnelle imputable au service a vocation à couvrir l’ensemble des manifestations pathologiques qui en sont la conséquence directe, y compris les symptômes différés ou persistants. L’administration ne peut opposer un retour à l’état antérieur sans verser au débat les éléments médicaux suffisants pour le démontrer, face à des attestations médicales documentant la continuité de la pathologie.