Contrôle des organismes de formation : l’absence de feuilles d’émargement n’emporte pas mécaniquement reversement au Trésor

Par un jugement du 8 avril 2026, le tribunal administratif de Nantes a annulé la décision préfectorale ayant mis à la charge d’une maison familiale rurale (MFR) la somme de plus de 111 000 euros au titre des remboursements non effectués correspondant à des heures de formation considérées comme non réalisées. La décision présente un intérêt majeur en ce qu’elle précise les exigences probatoires applicables au contrôle administratif et financier des organismes de formation professionnelle et clarifie le sort à réserver aux pièces justificatives produites postérieurement au contrôle.

Une trame factuelle classique en contentieux de la formation professionnelle

La MFR La Pignerie, spécialisée dans l’enseignement secondaire technique ou professionnel, dispensait depuis la rentrée 2017 une formation de BTS « économie sociale et familiale ». Cet organisme avait fait l’objet, les 3 et 12 décembre 2019, d’un contrôle administratif et financier mené par les agents de la DREETS des Pays de la Loire en application des articles L. 6361-2 et suivants du code du travail. À l’issue de ce contrôle, le préfet avait constaté l’absence totale d’émargement permettant d’établir la réalisation effective des actions de formation pour les périodes antérieures au 3 décembre 2019 ainsi que des incohérences dans la durée des formations en centre. Sur le fondement de l’article L. 6362-7-1 du code du travail, le préfet avait ordonné le reversement au Trésor public de la somme litigieuse, correspondant aux heures facturées mais regardées comme non réalisées sur les exercices 2017, 2018 et 2019.

L’apport principal : la valeur probante des pièces produites postérieurement au contrôle

L’intérêt majeur du jugement réside dans l’affirmation explicite du principe selon lequel la seule circonstance que des documents justificatifs ne soient produits que postérieurement au contrôle ne suffit pas à les écarter comme dépourvus de valeur probante. Cette solution, qui peut sembler évidente, méritait d’être consacrée tant la pratique administrative tend à figer l’appréciation de la réalité des prestations au moment du contrôle initial.

Le tribunal procède à une lecture combinée des dispositions issues du code du travail. L’article D. 6353-4, dans sa rédaction applicable du 1er avril 2017 au 1er janvier 2019, énumérait limitativement les pièces susceptibles d’établir l’assiduité du stagiaire : états de présence émargés, mais aussi tous documents et données établissant la participation effective à la formation, documents relatifs à l’accompagnement et à l’assistance du bénéficiaire, comptes rendus de positionnement et évaluations jalonnant la formation, ainsi que justificatifs des travaux exigés. La rédaction postérieure, issue du décret du 28 décembre 2018, simplifie encore cette énumération en se référant aux factures, aux relevés de dépenses et au certificat de réalisation.

Le tribunal en déduit que la charge de la preuve pèse certes sur l’organisme de formation, mais que cette preuve peut être rapportée par tout moyen et à tout moment de la procédure, y compris contentieuse. L’appréciation de la réalité des activités conduites en matière de formation s’effectue sous le contrôle du juge, qui examine concrètement les pièces produites sans s’attacher à leur date de production.

Un faisceau d’indices convergents au service de la démonstration

L’application de ce principe au cas d’espèce conduit le tribunal à un examen méthodique des pièces produites par l’organisme de formation. La MFR, qui ne contestait pas avoir omis d’établir des feuilles d’émargement, avait néanmoins versé au dossier un faisceau d’éléments dont la convergence permettait d’établir la réalité des formations dispensées.

Le tribunal recense les cahiers de liaisons et livrets scolaires des étudiants, les plannings de cours au sein de l’établissement, les relevés de notes personnalisés renseignés par les professeurs, les conventions de stage en alternance accompagnées des bilans individuels, les factures adressées aux parents et les pièces relatives au financement par Uniformation ou Fongecif. À cela s’ajoutaient des attestations non stéréotypées émanant des étudiants concernés et, surtout, neuf copies de diplômes obtenus par des étudiants des promotions visées par le contrôle. L’obtention effective du diplôme constitue un élément particulièrement probant : il est difficile d’imaginer qu’un étudiant puisse obtenir un BTS sans avoir suivi les enseignements correspondants. Sur la base de ce faisceau d’indices, la réalisation des formations a été tenue pour établie.

Une grille d’analyse pragmatique et conforme à l’esprit du contrôle

L’enseignement est précieux pour les organismes de formation et leurs conseils. Le contrôle administratif et financier ne saurait dégénérer en un formalisme excessif qui sacrifierait la réalité économique des prestations dispensées à l’absence d’une pièce procédurale. La feuille d’émargement, certes utile et désormais inscrite parmi les éléments du contrôle de service fait, n’est pas la seule preuve admissible de la réalité de l’action de formation. D’autres documents, parfois plus probants, peuvent venir établir cette réalité.

Cette grille d’analyse s’inscrit dans une jurisprudence constante en matière probatoire administrative qui privilégie la substance sur la forme. Le juge n’écarte pas mécaniquement les pièces tardives mais apprécie leur force probante au regard de l’ensemble du dossier. Cette approche, conforme aux exigences d’un procès équitable, préserve les droits des organismes contrôlés sans pour autant déresponsabiliser leur fonctionnement administratif.

Une victoire totale aux conséquences financières immédiates

Le tribunal a prononcé l’annulation de la décision préfectorale sans qu’il soit besoin d’examiner les autres moyens de la requête, et a accordé à l’organisme de formation la décharge intégrale de la somme de 111 453 euros. Cette solution évite à l’organisme l’épreuve financière qu’aurait constituée un reversement au Trésor public d’un montant qui, pour une structure de cette taille, aurait pu compromettre sa pérennité.

Enseignements pour la pratique

Pour les organismes de formation, plusieurs enseignements pratiques peuvent être tirés. D’abord, l’absence ou l’irrégularité de feuilles d’émargement ne signe pas mécaniquement la condamnation : la construction d’un dossier documenté regroupant l’ensemble des pièces démontrant la réalité des prestations apparaît comme le réflexe défensif essentiel. Ensuite, la mise en évidence des résultats concrets des formations dispensées, particulièrement par la production de copies de diplômes obtenus, constitue un élément de preuve particulièrement convaincant. Enfin, la phase contentieuse offre une véritable opportunité de produire de nouveaux éléments probants, le juge ne se limitant pas aux pièces examinées par l’administration lors du contrôle.

Pour les services de l’État chargés du contrôle, le jugement invite à une instruction plus complète des dossiers et à un examen attentif des observations présentées par l’organisme contrôlé. Le constat formel d’une absence d’émargement ne saurait dispenser l’administration d’apprécier globalement la réalité des prestations à la lumière de l’ensemble des éléments versés au débat, sous peine de voir ses décisions fragilisées au contentieux.

Plus largement, ce jugement s’inscrit dans une jurisprudence protectrice des organismes de formation, qui rappelle que les exigences procédurales du contrôle ne doivent pas constituer un obstacle disproportionné à la reconnaissance de l’effectivité des actions conduites. Cet équilibre, essentiel à l’équité du dispositif, garantit que le contrôle administratif demeure ce qu’il doit être : un instrument de régulation du financement public de la formation, et non un mécanisme de sanction systématique des défaillances purement formelles.

TA Nantes, 9e ch., 8 avr. 2026, n° 2300624